随着紫外线消毒技术的完善，以及人们对用水卫生标准的提高，紫外线消毒器用途越来越广泛，已被运用于各类水体的杀菌消毒。其主要的工作原理是利用紫外线有效破坏微生物的DNA和RNA，从而有效杀灭水中的病毒、细菌等微生物。
1.自来水/饮用水的杀菌消毒
新的生活饮用水卫生标准要求，居民的生活用水中的微生物指标由2项增至6项，增加了大肠埃希氏菌、耐热大肠菌群、贾第鞭毛虫和隐孢子虫；修订了总大肠菌群。然而传统的消毒并不能杀灭隐孢子和大肠杆菌，而紫外线消毒器可以有效杀灭这些微生物，使饮用水达到卫生标准。
用于自来水或者饮用水杀菌消毒一般安装于自来水厂，或者小区、学校、写字楼、食品厂、饮料厂等供水区域，安装和使用
2.井水的杀菌消毒
农村井水、自来水的杀菌消毒可以采用小型号的，安装方便，维护简单，可以有效提高农村生活用水的卫生标准
3.污水的杀菌处理
用于污水杀菌消毒的明渠式、自动清洗型、大流量紫外线消毒器可以有效杀灭污水中的各类病毒、细菌等微生物，已到达排放的生物安全标准。它适用于市政污水、工业污水、生活污水、医用污水等各类污水的杀菌消毒。
紫外线消毒器用途广泛，杀菌高效，成本较低，安装和维护都十分方便，是现代水体杀菌的安全专业设备。
