主要是通过对微生物(细菌、病毒、芽孢等病原体)的辐射损伤和破坏核酸的功能使微生物致死，从而达到消毒的目的。大家都在夸赞杀菌效果好。
　　杀菌范围广而迅速，处理时间短，在一定的辐射强度下一般病原微生物仅需十几秒即可杀灭，能杀灭一些氯消毒法无法灭活的病菌，还能在一定程度上控制一些较高等的水生生物如藻类和红虫等；紫外线消毒是一种物理方法，它不向水中增加任何物质，没有副作用，这是它优于氯化消毒的地方，它通常与其它物质联合使用，常见的联合工艺有UV+H2O2、UV+H2O2+O3、UV+TiO2，这样，消毒效果会更好。紫外线消毒器需要考虑的地方：
(1)紫外灯的寿命
 
　　紫外线灯管是紫外线消毒装置的核心部件，在国外的消毒系统之中推荐使用的紫外灯替换时间大约是5000h，但在很多污水处理厂中紫外灯的寿命超过了8000h，而我国国产紫外灯的寿命比较短，一般为1000-3000h。在紫外线消毒装置的运行过程中，当灯管的紫外线强度低于2500μW/cm2时，就应该更换灯管，但由于测定紫外线强度较困难，实际上灯管的更换都以使用时间为准。计数时除将连续使用时间累积之外，还需加上每次开关灯管对灯管的损耗，一般开关一次按使用3h计算。
 
(2)石英套管结垢
 
　　一般应每3个月对石英套管清洗一次，清洗时，先用纱布蘸酒精擦洗，然后用软布擦净。目前，国外已经成功开发出石英套管自动清洗系统，可以采用化学和机械方法进行清洗，节省劳动力。